江蘇省藥學(xué)會前身南京藥學(xué)會，于1951年2月14日成立，1954年改為中國藥學(xué)會南京分會，1962年將中國藥學(xué)會南京分會易名為中國藥學(xué)會江蘇分會。2002年召開了第六屆會員代表大會，選舉了毛季琳同志為理事長，陳振飛為秘書長新的一屆理事會，共73名理事。
學(xué)會設(shè)有組織、學(xué)術(shù)、科普培訓(xùn)、財(cái)務(wù)監(jiān)察工作委員會；有《江蘇藥學(xué)與臨床研究》編輯部；共有八個(gè)專業(yè)委員會即：藥劑、醫(yī)院藥學(xué)、藥化、藥分、中藥與天然藥物、藥學(xué)史、醫(yī)藥生物技術(shù)、藥事管理。
2008年5月26日在南京召開了江蘇省藥學(xué)會第七次會員代表大會，選舉產(chǎn)生了以江蘇省食品藥品監(jiān)督管理局姚新中副局長為理事長的第七屆理事會，大會號召全體會員在新一屆理事會的領(lǐng)導(dǎo)下，堅(jiān)持馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和“三個(gè)代表”重要思想為指導(dǎo)，全面落實(shí)科學(xué)發(fā)展觀，堅(jiān)持科學(xué)技術(shù)是第一生產(chǎn)力的思想，團(tuán)結(jié)和組織全省藥學(xué)工作者，實(shí)施科教興省和可持續(xù)發(fā)展的戰(zhàn)略，推進(jìn)藥學(xué)科學(xué)技術(shù)的普及和提高，促進(jìn)藥學(xué)科技與經(jīng)濟(jì)建設(shè)相結(jié)合，為我省經(jīng)濟(jì)建設(shè)服務(wù)，為我省藥品監(jiān)督管理工作服務(wù)，為會員和全省藥學(xué)工作者服務(wù)，為保障人民身體健康、構(gòu)建社會主義和諧社會服務(wù)。
本屆理事會下設(shè)：組織工作委員會；學(xué)術(shù)、科普和培訓(xùn)工作委員會；財(cái)務(wù)監(jiān)察工作委員會等三個(gè)工作委員會和學(xué)會辦公室及《藥學(xué)與臨床研究》編輯部。下設(shè)：藥劑專業(yè)委員會；醫(yī)院藥學(xué)專業(yè)委員會；藥物化學(xué)專業(yè)委員會；藥物分析專業(yè)委員會；中藥與天然藥物專業(yè)委員會；藥學(xué)史專業(yè)委員會；醫(yī)藥生物技術(shù)專業(yè)委員會;藥事管理專業(yè)委員會; 執(zhí)業(yè)藥師專業(yè)委員會、藥物不良反應(yīng)專業(yè)委員會和感染藥學(xué)專業(yè)委員會等十一個(gè)專業(yè)委員會。